Tracer un "logo de séquence" en utilisant ggplot2?

Question

Est-il (raisonnablement) possible de tracer un tracé de logo de séquence en utilisant ggplot2?

Il y a un paquet pour le faire qui est basé sur une "grille" appelée " seqLogo ", mais je me demandais s'il pouvait exister une version de ggplot2.

Merci.

Answer 1

J'ai implémenté une alternative conçue par Charles Berry, qui répond à certaines des faiblesses de seqLogos. Il utilise ggplot2:

https://github.com/leipzig/berryLogo

Answer 2

Aucun moyen direct de le faire dans ggplot2, pour autant que je suis concerné.

Cependant, découvrez RWebLogo. C'est un R wrapper j'ai écrit pour le WebLogo bibliothèque python. Vous pouvez le télécharger à partir de CRAN et il est hébergé sur github

Exemple Simple:

# Load package
library('RWebLogo')

# Sample alignment
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA')
# Plot logo to file
weblogo(seqs=aln, file.out='logo.pdf')

# Plot logo to R graphics device (uses generated jpeg logo and raster package)
weblogo(seqs=aln, plot=TRUE, open=FALSE, format='jpeg', resolution=600)

Pour plus d'options consultez ?weblogo ou ?plotlogo