Comment charger automatiquement les paquets dans R ?

Question

Pourriez-vous me suggérer un moyen de charger automatiquement les paquets dans R ? Je veux dire que je veux démarrer une session dans R sans avoir besoin d'utiliser la fonction de chargement automatique des paquets. library('package name') plusieurs fois. Supposons que j'ai téléchargé tous les paquets que je voudrai utiliser la prochaine fois que je lancerai R.

Answer 1

Mettez library(foo) dans votre .Rprofile ou définir R_DEFAULT_PACKAGES : voir ?Rprofile ...

En particulier (parce que ?Rprofile est long et potentiellement intimidant) :

Si vous voulez un ensemble de paquets différent de ceux par défaut lorsque vous démarrage, insérez un appel à 'options' dans le fichier '.Rprofile' ou 'Rprofile.site'. ou 'Rprofile.site'. Par exemple, 'options(defaultPackages = character())' n'attachera aucun paquetage supplémentaire au démarrage (seulement le paquetage de base). paquetage de base) (ou définissez la variable d'environnement 'R_DEFAULT_PACKAGES=NULL' avant de lancer R). d'environnement avant de lancer R). En utilisant 'options(defaultPackages = "")' ou R_DEFAULT_PACKAGES=""' permet d'appliquer les règles de R système par défaut.

Puisque vous avez probablement faire vous voulez que tous les paquets par défaut soient chargés, puis des paquets supplémentaires (plutôt que, par exemple, de ne pas charger certains des paquets par défaut), vous pouvez soit mettre

library("mypackage1")
library("mypackage2")
[etc.]

ou en utilisant options(defaultPackages=...) :

options(defaultPackages=c(getOption("defaultPackages"),
       "mypackage1","mypackage2", ... [etc.]))

dans votre .Rprofile a ajouter vos paquets souhaités aux valeurs par défaut standard.

modifier (copié à partir d'un commentaire) pour que cela fonctionne en Rstudio : http://rstudio.org/docs/using/workspaces suggère que Rstudio exécute .Rprofile et ensuite "Effectue les autres actions décrites dans R Startup [ http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/base/html/Startup.html ]" (ce qui est identique à ?Rprofile ). Il est ambigu de savoir s'il s'agit de Rprofile.site ou pas.

edit #2 : selon le commentaire ci-dessous, il fonctionne avec une version récente de Rstudio.

Answer 2

Il existe un fichier appelé .Rprofile qui n'est rien d'autre qu'un script qui est exécuté à chaque fois que vous démarrez une nouvelle session de R.

Ce que vous devez faire, c'est ajouter library(package) à ce sujet. Si vous utilisez Unix, il se trouve probablement dans votre dossier personnel, sous forme de fichier caché.

Answer 3

Page Quick-R sur la personnalisation du démarrage de R contient essentiellement les mêmes informations que dans les réponses de Ben et Joao, mais elle est peut-être un peu plus claire. Créez une copie de Rprofile.site avec les modifications souhaitées dans votre dossier personnel (Documents sous Windows) et appelez-le comme suit .Rprofile

EDIT : J'ai remarqué que R 3.0.0 ne cherche plus dans le dossier Documents, mais utilise le répertoire personnel de l'utilisateur (nom d'utilisateur) sous Windows 7. Cela pourrait être un problème d'installation (c'est-à-dire que j'ai installé R "incorrectement" auparavant). Cependant, la page Quick-R dont le lien figure dans cette réponse indique la bonne façon de procéder. Si quelqu'un d'autre rencontre ce problème, la solution est de copier .Rprofile dans le répertoire personnel de l'utilisateur.

Answer 4

La réponse rapide est que vous devez placer vos paquets R dans le répertoire .Rprofile comme tout le monde l'a suggéré.

Notez cependant que R lira ce fichier, et que puis chargez les paquets de base R . Voir de ?startup :

Notez que lorsque les fichiers de site et de profil utilisateur sont sourcés, seul le fichier paquet de base est chargé,

Cela peut poser des problèmes si le paquet que vous voulez charger améliore/écrase certaines fonctions de base de R. Voir par exemple avec tidyverse::filter : https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/1611

Je vois deux solutions pour l'instant :

1. Utilisez .First.sys() à la première ligne de votre .Rprofile : il s'agit de la commande qui est généralement exécutée après la lecture du fichier .Rprofile et qui charge les paquets dans le fichier .Rprofile. getOption("defaultPackages") .

2. Mettre à jour l'option Paquets par défaut : n'utilisez pas library() dans votre .Rprofile, mais quelque chose comme.

   old <- getOption("defaultPackages")
   options(defaultPackages = c(old, "tidyverse"))