En développant une application Cocoa sous 10.9, j'ai remarqué que si je vais dans ~/Bibliothèque/Préférences et que je supprime le fichier plist de mon application (pour le réinitialiser), lors du prochain build-and-run, l'application se comporte comme si le fichier plist n'avait jamais été supprimé.
Il m'a fallu beaucoup de temps pour comprendre pourquoi cela se produit et je n'ai pas vu de question/réponse à ce sujet sur SO, alors j'écris cette question et j'y réponds moi-même pour aider les autres.