J'ai eu un Problème similaire, j'ai eu plusieurs tables sur une page et chacun avait plusieurs datepickers, également sur cliquez sur le bouton "AddLine" il a ajouté une ligne de tableau avec le HTML dynamique et datepicker.
J'ai réalisé après beaucoup de recherche qui ma date d'entrée champs n'avaient pas de "id" sont définis, ils ressemblaient à ça
<input type="text" class="datepicker" name="mDate1" value="" size=8 >
jquery a été pointant tous les champs de date les valeurs de la première date de champ est défini dans la page, le calendrier serait popup sur tous les champs de date, mais la valeur de la 1ère date de champ de changement, j'ai fait un changement pour le html comme ceci
<input type="text" class="datepicker" id="Date1" name="mDate1" value="" size=8 >
par l'ajout d'un "id" et il a commencé à travailler, pour la dynamique des champs de date je change l'Id comme ceci
var allColumns = $("#"+$tableId+" tr:last td");
$(allColumns).each(function (i,val) {
if($(val).find(":input").hasClass("datepicker")){
$(val).find(":input").attr("id",newId+$(val).find(":input").attr("id"));
}
});