(Notez que je ne suis pas un avocat.) À partir de l'GitHub Conditions de Service, paragraphe F. 1:
Nous ne revendiquons aucun droit de propriété intellectuelle sur le matériel que vous fournissez au Service. Votre profil et les documents téléchargés restent vôtre. Toutefois, en définissant vos pages pour être vu en public, vous vous engagez à permettre aux autres de voir votre Contenu. En définissant vos dépôts à être vu en public, vous vous engagez à permettre à d'autres de vue, et de la fourche de vos dépôts.
En d'autres termes, GitHub lui-même n'a rien à voir avec la façon dont l'immatriculation de votre code. De sorte que vous pouvez décider d'arrêter la publication de votre source via GitHub, mais tout ce qui a été fourchue et cloné à partir d'elle jusqu'à ce point est bien sûr encore "là-bas" sous la licence open source utilisé.
La même chose vaut pour d'autres personnes, de l'apport du projet: tout a été autorisée par la licence d'origine, qui reste, donc, c'est entre vous et les autres contributeurs. GitHub a peu à voir avec elle.
Comme pour la mise à jour de question:
Il est plus sûr de supposer que tout ce que vous avez mis sur le web est là pour toujours. GitHub permet de parcourir le code source à travers le web. Il semble que de GitHub robots.txt demande robots de rester à l'écart à partir du code source, mais il n'y a aucune garantie qu'ils vont le faire. Je peux facilement imaginer Google Recherche de Code de départ de l'indice de GitHub, par exemple (si ils ne le font pas déjà.)
Bottom line: une fois que la source est public, vous pouvez ne jamais le rendre privé plus.