Utilisez GraphViz . Il s'agit essentiellement d'un langage de description qui produit automatiquement des graphes décents. Une autre réponse recommandait Dia... Dia est un outil GUI qui produit des fichiers GraphViz .dot. Si vous voulez un contrôle total de la mise en page (généralement pas nécessaire pour un organigramme), utilisez Dia. Si vous voulez simplement quelque chose qui produit une mise en page raisonnable par lui-même, utilisez GraphViz directement.
En prime, GraphViz fonctionne avec de nombreux paquets wiki en tant que plugin... Confluence, MediWiki, Trac, pour commencer.