MyISAM et InnoDB sont les moteurs les plus couramment utilisés.
MyISAM est légèrement plus rapide qu'InnoDB, et implémente l'index FULLTEXT qui est très utile pour intégrer des capacités de recherche. MyISAM n'est pas transactionnel et n'implémente pas les contraintes de clé étrangère, ce qui est un inconvénient majeur.
Mais vous pouvez utiliser le meilleur des deux et créer des tables avec différents moteurs de stockage. Certains logiciels (WordPress, je crois) utilisent Inno pour la plupart des données, comme les relations entre les pages, les versions, etc. Les enregistrements pour les articles contiennent un ID qui renvoie à un enregistrement dans une table de contenu séparée qui utilise MyISAM. De cette façon, le contenu est stocké dans la table qui offre les meilleures capacités de recherche, tandis que la plupart des autres données sont stockées dans des tables qui assurent l'intégrité des données.
Si j'étais vous, je choisirais Inno, car c'est le plus fiable. N'utilisez MyISAM qu'à des fins spécifiques si vous en avez besoin.
Vous pouvez configurer votre base de données pour utiliser InnoDB par défaut lors de la création de nouvelles tables.