grepping à l’aide de l’opérateur alternatif « | »

Question

Voici un exemple d’un fichier volumineux nommé AT5G60410.gff :

J’ai du mal à extraire des lignes spécifiques de cela en utilisant grep. Je voulais extraire toutes les lignes qui sont de type « gène » ou de type « exon », spécifiées dans la troisième colonne. J’ai été surpris quand cela n’a pas fonctionné:

Aucun résultat n’est retourné. Où est-ce que je me suis trompé?

Answer 1

Vous devez échapper à la `` . Ce qui suit devrait faire le travail.

Answer 2

Par défaut, grep traite les caractères spéciaux typiques comme des caractères normaux à moins qu'ils ne soient échappés. Vous pouvez donc utiliser les éléments suivants :

 grep 'gene\|exon' AT5G60410.gff

Cependant, vous pouvez changer son mode en utilisant les formulaires suivants pour faire ce que vous attendez :

 egrep 'gene|exon' AT5G60410.gff
grep -E 'gene|exon' AT5G60410.gff

Answer 3

Il s’agit d’une façon différente de grepping pour quelques choix:

le `` commutateur spécifie différents modèles à apparier.

Answer 4

Cela fonctionnera: