Rupture de la boucle lorsque "warnings()" apparaît dans R

Question

J'ai un J'exécute une boucle pour traiter plusieurs fichiers. Mes matrices sont énormes et je manque souvent de mémoire si je ne fais pas attention.

Existe-t-il un moyen de sortir d'une boucle si des avertissements sont créés ? Il continue à exécuter la boucle et signale qu'il a échoué bien plus tard... c'est ennuyeux. Je n'ai pas d'idée à vous donner, ô sages stackoverflow-ers !

Answer 1

Vous pouvez transformer les avertissements en erreurs avec :

options(warn=2)

Contrairement aux avertissements, les erreurs interrompent la boucle. Heureusement, R vous signalera également que ces erreurs particulières ont été converties en avertissements.

j <- function() {
    for (i in 1:3) {
        cat(i, "\n")
        as.numeric(c("1", "NA"))
}}

# warn = 0 (default) -- warnings as warnings!
j()
# 1 
# 2 
# 3 
# Warning messages:
# 1: NAs introduced by coercion 
# 2: NAs introduced by coercion 
# 3: NAs introduced by coercion 

# warn = 2 -- warnings as errors
options(warn=2)
j()
# 1 
# Error: (converted from warning) NAs introduced by coercion

Answer 2

R vous permet de définir un gestionnaire de conditions

x <- tryCatch({
    warning("oops")
}, warning=function(w) {
    ## do something about the warning, maybe return 'NA'
    message("handling warning: ", conditionMessage(w))
    NA
})

qui se traduit par

handling warning: oops
> x
[1] NA

L'exécution se poursuit après tryCatch ; vous pouvez décider de terminer en convertissant votre avertissement en erreur

x <- tryCatch({
    warning("oops")
}, warning=function(w) {
    stop("converted from warning: ", conditionMessage(w))
})

ou traiter la condition de manière gracieuse (en poursuivant l'évaluation après l'appel d'avertissement)

withCallingHandlers({
    warning("oops")
    1
}, warning=function(w) {
    message("handled warning: ", conditionMessage(w))
    invokeRestart("muffleWarning")
})

qui imprime

handled warning: oops
[1] 1

Answer 3

Définir la valeur globale warn option :

options(warn=1)  # print warnings as they occur
options(warn=2)  # treat warnings as errors

Notez qu'un "avertissement" n'est pas une "erreur". Les boucles ne se terminent pas en cas d'avertissement (sauf si options(warn=2) ).