Voici un css fonctionnel, testé sous Firefox / IE7 / Safari / Chrome / Opera.
* {margin:0px;padding:0px;overflow:hidden}
div {position:absolute}
div#header {top:0px;left:0px;right:0px;height:60px}
div#wrapper {top:60px;left:0px;right:0px;bottom:0px;}
div#left {top:0px;bottom:0px;left:0px;width:50%;overflow-y:auto}
div#right {top:0px;bottom:0px;right:0px;width:50%;overflow-y:auto}
"overflow-y" n'est pas approuvé par le W3C, mais tous les principaux navigateurs le supportent. Vos deux divs #left et #right afficheront une barre de défilement verticale si leur contenu est trop élevé.
Pour que cela fonctionne sous IE7, vous devez déclencher le mode conforme aux normes en ajoutant un DOCTYPE :
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN"
"http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
<html>
<head>
<title></title>
<style type="text/css">
*{margin:0px;padding:0px;overflow:hidden}
div{position:absolute}
div#header{top:0px;left:0px;right:0px;height:60px}
div#wrapper{top:60px;left:0px;right:0px;bottom:0px;}
div#left{top:0px;bottom:0px;left:0px;width:50%;overflow-y:auto}
div#right{top:0px;bottom:0px;right:0px;width:50%;overflow-y:auto}
</style>
</head>
<body>
<div id="header"></div>
<div id="wrapper">
<div id="left"><div style="height:1000px">high content</div></div>
<div id="right"></div>
</div>
</body>