Une autre remarque, probablement un cas rare mais j'ai eu ce problème. J'ai déplacé des fichiers qui étaient déjà liés à un référentiel d'un répertoire à un autre, à la manière d'un copier/coller.
Avec lui est venu le dossier .git, qui a empêché git de détecter le dossier.
Donc, ma structure de dossiers était la suivante, avec git ne détectant pas le dossier 2 même si le dépôt était défini pour le projet d'origine 1:
--Original Project 1
--.git
--Folder 1
--Folder 2
--.git
--Many other files/folders
La suppression du dossier enfant .git a résolu mon problème.