TypeError : contrainte vers Unicode : besoin d'une chaîne ou d'un tampon

Question

Ce code renvoie le message d'erreur suivant :

• avec open (infile, mode='r', buffering=-1) comme in_f, open (outfile, mode='w', buffering=-1) comme out_f : TypeError : contrainte vers Unicode : besoin d'une chaîne ou d'un tampon, fichier trouvé

   # Opens each file to read/modify
  infile=open('110331_HS1A_1_rtTA.result','r')
  outfile=open('2.txt','w')
  
  import re
  
  with open (infile, mode='r', buffering=-1) as in_f, open (outfile, mode='w', buffering=-1) as out_f:
      f = (i for i in in_f if i.rstrip())
      for line in f:
          _, k = line.split('\t',1)
          x = re.findall(r'^1..100\t([+-])chr(\d+):(\d+)\.\.(\d+).+$',k)
          if not x:
              continue
          out_f.write(' '.join(x[0]) + '\n')
  

S'il vous plaît quelqu'un m'aide.

Answer 1

Vous essayez d'ouvrir chaque fichier deux fois ! D'abord tu fais :

 infile=open('110331_HS1A_1_rtTA.result','r')

puis vous passez à nouveau infile (qui est un objet fichier) à la fonction open :

 with open (infile, mode='r', buffering=-1)

open s'attend bien sûr à ce que son premier argument soit un nom de fichier, pas un fichier ouvert !

Ouvrez le fichier une seule fois et tout devrait bien se passer.

Answer 2

Pour le cas le moins spécifique (pas seulement le code dans la question - puisqu'il s'agit de l'un des premiers résultats dans Google pour ce message d'erreur générique. Cette erreur se produit également lors de l'exécution de certaines commandes os avec aucun argument.

Par exemple:

 os.path.exists(arg)  
os.stat(arg)

Levera cette exception lorsque arg vaut None.

Answer 3

Vous essayez de transmettre des objets de fichier en tant que noms de fichiers. Essayez d'utiliser

 infile = '110331_HS1A_1_rtTA.result'
outfile = '2.txt'

en haut de ton code.

(Non seulement l'utilisation doublée de open() cause ce problème d'essayer d'ouvrir à nouveau le fichier, cela signifie également que infile et outfile ne sont jamais fermés pendant le cours d'exécution, bien qu'ils seront probablement fermés une fois le programme terminé.)

Answer 4

Voici le meilleur moyen que j'ai trouvé pour Python 2:

 def inplace_change(file,old,new):
        fin = open(file, "rt")
        data = fin.read()
        data = data.replace(old, new)
        fin.close()

        fin = open(file, "wt")
        fin.write(data)
        fin.close()

Un exemple:

 inplace_change('/var/www/html/info.txt','youtub','youtube')