J'ai écrit un patch pour résoudre ce problème et il a été fusionné dans Ubuntu et Debian. Maintenant il est possible de configurer tomcat6 dans Eclipse sans aucun problème.
Dans Ubuntu 11.04 vous pouvez installer le paquet tomcat6-user. Ensuite, configurez une instance utilisateur de tomcat6 en exécutant cette commande
$tomcat6-instance-create ~/my-tomcat-dir
Une instance utilisateur de tomcat6 sera configurée dans le répertoire ~/my-tomcat-dir.
Maintenant pour ajouter tomcat6 à l'intérieur d'eclipse afin de configurer votre environnement de développement, il suffit de faire pointer eclipse vers ce répertoire et vous serez prêt à partir.
Si vous utilisez une ancienne version d'Ubuntu, vous pouvez simplement télécharger la dernière version du paquet tomcat6-user depuis le FTP de Debian : http://packages.debian.org/hu/sid/all/tomcat6-user/download.