Vous devez établir un lien symbolique entre divers dossiers dispersés dans le système de fichiers et le dossier principal (ou d'installation) de Tomcat6.
tsaid a suggéré de faire un lien symbolique vers /usr/share/tomcat6, je préfère utiliser /var/lib/tomcat6.
Mon répertoire /var/lib/tomcat6 (voir les liens symboliques que j'ai faits) :
$ ls -g -o /var/lib/tomcat6
lrwxrwxrwx 1 22 2010-07-20 18:15 bin -> /usr/share/tomcat6/bin
drwxr-xr-x 3 4096 2010-07-20 12:22 common
lrwxrwxrwx 1 12 2010-07-20 12:22 conf -> /etc/tomcat6
lrwxrwxrwx 1 22 2010-07-20 18:14 lib -> /usr/share/tomcat6/lib
lrwxrwxrwx 1 17 2010-07-20 12:22 logs -> ../../log/tomcat6
drwxr-xr-x 3 4096 2010-07-20 12:22 server
drwxr-xr-x 3 4096 2010-07-20 12:22 shared
drwxrwxr-x 3 4096 2010-07-20 12:22 webapps
lrwxrwxrwx 1 19 2010-07-20 12:22 work -> ../../cache/tomcat6
N'oubliez pas non plus de donner les droits d'accès complets à vos fichiers de configuration, dans mon cas dans /etc/tomcat6. Puisque vous aurez également besoin de faire un lien symbolique entre catalina.policy et Catalina/localhost/catalina.policy, n'oubliez pas de donner les droits d'exécution à ces dossiers. Vous pouvez simplifier avec une permission complète au dossier conf, mais c'est seulement conseillé si vous êtes le seul utilisateur de l'ordinateur.
cd /var/lib/tomcat6/conf
chmod -R a+xrw *
Maintenant, supprimez l'entrée dans Eclipse sous Window -> Preferences -> Server -> Runtime Environment et ajoutez un nouveau serveur via Run on Server ou n'importe où ailleurs.