J'essaie d'utiliser un répertoire différent pour les journaux d'un flux de travail snakemake exécuté sur un cluster. Par conséquent, mon cluster.yaml
ressemble à un fichier :
__default__:
time: 5:00:00
threads: 5
vmem: 10G
#stderr: logs/snakejob.{rule}.{wildcards.sample}.{jobid}.err
stdout: logs/snakejob.{rule}.{wildcards.sample}.{jobid}.out
# custom parameters for each rule
Cependant, cette configuration donne lieu à cette erreur :
NameError: The name 'jobid' is unknown in this context. Please make sure that you defined that variable. Also note that braces not used for variable access have to be escaped by repeating them, i.e. {{print $1}}
Puisque j'aimerais garder le jobid
dans le fichier stdout (comme dans la valeur par défaut), comment puis-je y accéder ?
Merci beaucoup,
Domenico