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Sur le mélange de requêtes Java et SQL, comment faire au mieux ?

Dans le cadre de mon Java j'ai besoin d'exécuter un grand nombre de requêtes contre ( Oracle ).

Actuellement, nous créons un mélange de SQL et de Java, ce qui (je sais) est une mauvaise chose.

Quelle est la bonne façon de gérer une telle situation ? Si possible, donnez des exemples.

Merci.

EDITAR:

Un peu plus d'informations sur l'application. Il s'agit d'une application web qui tire son contenu principalement de la base de données (elle prend les données de l'utilisateur et peint le contenu à voir ensuite en fonction de ce que la base de données estime être vrai).

Le plus gros problème que j'ai avec la façon dont cela est fait aujourd'hui est que le mélange de code Java et de requêtes SQL semble "déplacé" lorsqu'il est couplé aussi étroitement que cela l'est (requêtes codées en dur dans le code source).

Je cherche une façon plus propre de gérer cette situation, qui améliorerait la maintenabilité et la clarté du projet en question.

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