J'ai fait quelques tests rapides en utilisant node 0.6.x sur Windows 7. La configuration était un dossier contenant 1 dossier, 1 protégé, 1 caché et 1 fichier sans attributs spéciaux.
J'ai bouclé ce dossier et récupéré les statistiques pour les entrées (en utilisant fs.stat(path, callback)), voici les résultats :
testfolder
fs.Stats.mode: 16895
test_hidden.txt
fs.Stats.mode: 33206
test_norm.txt
fs.Stats.mode: 33206
test_prot.txt
fs.Stats.mode: 33060
Comme vous pouvez le constater, on peut faire la différence entre les fichiers protégés et les fichiers cachés/normaux grâce au mode, mais l'attribut caché est en fait un attribut réel qui n'a rien à voir avec le mode du fichier.
Afin d'identifier de manière fiable les fichiers cachés sous Windows, l'équipe node.js devrait implémenter l'API GetFileAttributes() sous Windows (comme cela est fait par C++ ou C#). AFAIK, ce n'est pas dans le pipeline (du moins, je n'ai rien trouvé après quelques recherches rapides sur Google).
Pour votre question concernant les fichiers qui sont cachés dans toutes les versions d'Unix lorsqu'ils sont préfixés par un point : je n'ai pas rencontré de distribution où cela ne fonctionnait pas, donc de mon point de vue : oui.