Le paquet R dépendant de shiny donne un avertissement RJSONIO

Question

Mon paquet CTDesignExplorer utilise shiny (et shinyIncubator). Lorsque j'inclus
Dépend : brillant
dans le fichier DESCRIPTION, il y a des avertissements lors du chargement du paquet dans RStudio :

Avertissement dans .simpleDuplicateClass(def, prev) : la spécification de la classe S3 "AsIs" du package 'RJSONIO' semble équivalente à celle du >package 'BiocGenerics' et n'active pas les définitions de classe dupliquées pour cette classe.

En ligne de commande R, le chargement de shiny entraîne de multiples avertissements ; en plus de "AsIs", avec "connect", "file", "pipe", et "textConnection".
Sur https://github.com/joey711/phyloseq/issues/128 Le problème est censé être résolu depuis 6 mois, mais il est toujours là, même après update.packages("RJSONIO"). La version est 1.0-3, du 2013-03-27.
Sur https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2013-March/004177.html La suggestion était de retirer RJSONIO du NAMESPACE. Mais il n'est pas là (ou dans DESCRIPTION) dans mon paquet. Dans shiny, il se trouve sous Imports dans DESCRIPTION.

Cela n'a probablement aucun impact sur l'exécution du code, mais il est difficile d'en être sûr. Quoi qu'il en soit, c'est certainement laid à voir pour mes utilisateurs.

Answer 1

Je pense que cela pourrait aider de faire passer Shiny de Depends à Imports dans votre paquet. Et, si nécessaire, utilisez importFrom dans votre fichier NAMESPACE pour importer des fonctions Shiny spécifiques, au lieu d'introduire tout Shiny.

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#Specifying-imports-and-exports