R - Markdown pour éviter les messages de chargement de paquets

Question

J'ai utilisé Knitr via R-Studio, et je pense que c'est assez chouette. J'ai cependant un petit problème. Lorsque je source un fichier dans un R-Chunk, la sortie de Knitr inclut des commentaires externes comme suit :

+ FALSE Loading required package: ggplot2
+ FALSE Loading required package: gridExtra
+ FALSE Loading required package: grid
+ FALSE Loading required package: VGAM
+ FALSE Loading required package: splines
+ FALSE Loading required package: stats4
+ FALSE Attaching package: 'VGAM'
+ FALSE The following object(s) are masked from 'package:stats4':

J'ai essayé de définir les options de R-chunk de différentes manières, mais cela ne semble toujours pas éviter le problème :

```{r echo=FALSE, cache=FALSE, results=FALSE, warning=FALSE, comment=FALSE, warning=FALSE} 
source("C:/Rscripts/source.R");

```

Existe-t-il un moyen de commenter ces messages ?

Answer 1

Vous pouvez utiliser include=FALSE pour exclure tout ce qui se trouve dans un chunk.

```{r include=FALSE}
source("C:/Rscripts/source.R")
```

Si vous souhaitez uniquement supprimer les messages, utilisez message=FALSE à la place :

```{r message=FALSE}
source("C:/Rscripts/source.R")
```

Answer 2

```{r results='hide', message=FALSE, warning=FALSE}
library(RJSONIO)
library(AnotherPackage)
```

voir Options de morceaux dans les documents de Knitr

Answer 3

Ma meilleure solution sur R Markdown était de créer un chunk de code uniquement pour charger les bibliothèques et d'exclure tout ce qui se trouve dans le chunk.

{r results='asis', echo=FALSE, include=FALSE,}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning=FALSE)
#formating tables
library(xtable)

#data wrangling
library(dplyr)

#text processing
library(stringi)

Answer 4

C'est une vieille question, mais voici une autre façon de procéder.

Vous pouvez modifier le code R lui-même au lieu des options du chunk, en enveloppant la balise source appeler suppressPackageStartupMessages() , suppressMessages() et/ou suppressWarnings() . Par exemple

```{r echo=FALSE}
suppressWarnings(suppressMessages(suppressPackageStartupMessages({
source("C:/Rscripts/source.R")
})
```

Vous pouvez également placer ces fonctions autour de votre library() à l'intérieur du "source.R" script.