R/gtsummary : Exclusion de certaines p-values et modification de la note de bas de page

Question

Quelqu'un sait-il s'il est possible d'exclure certaines p-values d'un tableau récapitulatif ( tbl_summary() con add_p() ) ?

De même, peut-on modifier la note de bas de page concernant les tests utilisés ?

library(gtsummary)

mtcars %>%
tbl_summary(by = am) %>%
add_p()

Answer 1

Ce sont de grandes questions de personnalisation et les réponses sont OUI ! !!

Tout d'abord, vous pouvez utiliser le include = à l'argument add_p() avec un vecteur de caractères des variables que vous souhaitez inclure (ou exclure en utilisant la fonction - ), ou tout aide tidyselect (c'est-à-dire starts_with() ), pour sélectionner les p-values à inclure dans le tableau.

Ensuite, j'ai fourni un exemple utilisant les arguments du paquet {gt} sur la façon de modifier les tests par défaut de la liste des notes de bas de page. Un autre exemple peut être vu dans la section {gtsummary} galerie de tableaux .

Bonne chance, j'espère que cela vous aidera !

library(gtsummary)
library(dplyr, warn.conflicts = F)
library(gt)

trial %>% 
  select(trt, stage, age, grade) %>% 
  tbl_summary(by = trt) %>% 
  add_p(
    include = c(-age) #Can use any tidyselect helpers/select syntax to specify which p-vals
  ) %>% 
  as_gt(include = -tab_footnote) %>%  # if using gt, can exclude footnotes this way 
  tab_footnote( # and can modify/add footnotes this way
    footnote = "Tests used are...",
    locations = cells_column_labels(columns = vars(p.value))
  )

Answer 2

Une autre méthode consiste à modifier directement la liste :

plouf <- mtcars %>%
  tbl_summary(by = am) %>%
  add_p()
plouf$table_body[1,"p.value"] <- NA
plouf$table_header[6,"footnote"] <- "my personal statistic test"
plouf