Le problème est qu'après avoir supprimé et poussé une branche, celle-ci n'est pas perdue à jamais et se trouve toujours dans le dépôt. J'ai supprimé une branche avec une grande quantité de fichiers inutiles, mais tant qu'elle est toujours quelque part dans le dépôt git, la durée de la commande git clone est trop importante.
Pour l'instant, la seule solution que je vois est de supprimer tout le référentiel et de le recréer, mais sans branche inutile.