Il n'y a pas de moyen facile de le faire.
Combien de temps est "assez long", et comment publiez-vous les fichiers ? PAR HTTP ? Vous pouvez envisager de publier le déploiement localement, de le compresser, de le déplacer vers le serveur et de le décompresser. Ou essayez d'utiliser le FTP et voyez si c'est plus rapide. Ce qui sera certainement plus rapide, c'est d'accéder au dossier sur le serveur Web en tant que disque partagé et d'y publier. Je pense que c'est beaucoup plus rapide.
Vous pourriez également placer les dll tierces sur le serveur, déployer tout le reste, puis copier les dll tierces dans le dossier, les ajouter au manifeste de l'application avec mage ou mageui, puis re-signer les deux manifestes avec mage ou mageui. Franchement, je publierais directement l'application sur le serveur web et j'irais déjeuner. L'introduction d'étapes manuelles dans le processus introduit également la possibilité d'erreurs...