Eclipse est une bonne option pour C# si vous avez l'intention de développer sur linux avec mono. Mais sous Windows, il n'y a aucune raison de ne pas utiliser Visual Studio.
Bien sûr, eclipse est gratuit et visual studio express a quelques fonctionnalités en moins. Mais dans le monde des affaires, il faut s'en tenir à Visual Studio. Même dans ce cas, je pense que je préférerais VS 2010 express à Eclipse sur Windows. Et comme le dit ignotico, Microsoft intègre beaucoup de choses utiles pour le développement C# et .NET. Encore une fois, si vous utilisez des parties importantes de .NET comme WPF ou ASP.NET, Visual Studio est indispensable. Si vous n'utilisez pas les grandes bibliothèques et les outils, le développement avec mono sur linux est une option.
J'ai entendu dire qu'essayer de faire fonctionner Visual Studio correctement dans Wine sous Linux est un cauchemar.