Parcourir le contenu d'un fichier en Bash

Question

Comment puis-je itérer à travers chaque ligne d'un fichier texte avec Bash ?

Avec ce script :

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

J'obtiens ce résultat à l'écran :

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(Plus tard, je veux faire quelque chose de plus compliqué avec $p que la simple sortie sur l'écran).

---

La variable d'environnement SHELL est (de env) :

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version sortie :

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version sortie :

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

Le fichier peptides.txt contient :

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

Answer 1

Une façon de le faire est :

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

Comme indiqué dans les commentaires, cela a pour effets secondaires de couper les espaces blancs de tête, d'interpréter les séquences de barres obliques inversées et de sauter la dernière ligne s'il manque un saut de ligne de fin. Si cela vous préoccupe, vous pouvez le faire :

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

---

Exceptionnellement, si le le corps de la boucle peut lire à partir de l'entrée standard vous pouvez ouvrir le fichier en utilisant un descripteur de fichier différent :

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

Ici, 10 est juste un nombre arbitraire (différent de 0, 1, 2).

Answer 2

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

et la variante en une ligne :

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

Ces options sautent la dernière ligne du fichier s'il n'y a pas de retour à la ligne.

Vous pouvez éviter cela de la manière suivante :

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

Answer 3

Option 1a : Boucle While : Une seule ligne à la fois : Redirection des entrées

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo "$p"
done < "$filename"

Option 1b : Boucle While : Une seule ligne à la fois :
Ouvre le fichier, lu à partir d'un descripteur de fichier (dans ce cas, le descripteur de fichier n°4).

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<"$filename"
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo "$p"
done

Answer 4

Ce n'est pas mieux que les autres réponses, mais c'est un moyen de plus de faire le travail dans un fichier sans espaces (voir les commentaires). Je trouve que j'ai souvent besoin de lignes uniques pour fouiller dans des listes dans des fichiers texte sans l'étape supplémentaire d'utiliser des fichiers script séparés.

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

Ce format me permet de tout mettre dans une seule ligne de commande. Remplacez la partie "echo $word" par ce que vous voulez et vous pouvez envoyer plusieurs commandes séparées par des points-virgules. L'exemple suivant utilise le contenu du fichier comme argument dans deux autres scripts que vous avez peut-être écrits.

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

Ou si vous avez l'intention de l'utiliser comme un éditeur de flux (apprenez sed) vous pouvez vider la sortie dans un autre fichier comme suit.

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

Je les ai utilisés tels qu'ils sont écrits ci-dessus parce que j'ai utilisé des fichiers texte où je les ai créés avec un mot par ligne. (Voir commentaires) Si vous avez des espaces que vous ne voulez pas séparer de vos mots/lignes, c'est un peu plus laid, mais la même commande fonctionne toujours comme suit :

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

Ceci indique simplement à l'interpréteur de commandes de se séparer sur les nouvelles lignes uniquement, et non sur les espaces, puis ramène l'environnement à ce qu'il était auparavant. À ce stade, vous pouvez envisager de mettre tout cela dans un script de l'interpréteur de commandes plutôt que de le comprimer dans une seule ligne, cependant.

Bonne chance !

Answer 5

#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file 
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
    echo $x
done