Enregistrer des figures Matplotlib interactives

Question

Y a-t-il un moyen de sauvegarder une figure Matplotlib de sorte qu'elle puisse être réouverte et que l'interaction typique soit restaurée? (Comme le format .fig dans MATLAB?)

Je me retrouve à exécuter les mêmes scripts plusieurs fois pour générer ces figures interactives. Ou bien j'envoie à mes collègues plusieurs fichiers PNG statiques pour montrer différents aspects d'un tracé. Je préférerais leur envoyer l'objet figure et qu'ils interagissent avec eux-mêmes.

Answer 1

Je viens de découvrir comment faire cela. Le "support expérimental de pickle" mentionné par @pelson fonctionne plutôt bien.

Essayer ceci:

# Tracer quelque chose
import matplotlib.pyplot as plt
fig,ax = plt.subplots()
ax.plot([1,2,3],[10,-10,30])

Après avoir ajusté de manière interactive, enregistrez l'objet figure sous forme de fichier binaire:

import pickle
pickle.dump(fig, open('FigureObject.fig.pickle', 'wb')) # Cela est pour Python 3 - py2 peut avoir besoin de `file` à la place de `open`

Plus tard, ouvrez la figure et les ajustements devraient être enregistrés et l'interactivité GUI devrait être présente:

import pickle
figx = pickle.load(open('FigureObject.fig.pickle', 'rb'))

figx.show() # Afficher la figure, l'éditer, etc.!

Vous pouvez même extraire les données des tracés:

data = figx.axes[0].lines[0].get_data()

(Cela fonctionne pour les lignes, pcolor & imshow - pcolormesh fonctionne avec quelques astuces pour reconstruire les données aplaties.)

J'ai eu l'excellent conseil de Enregistrer les Figures Matplotlib en Utilisant Pickle.

Answer 2

À partir de Matplotlib 1.2, nous avons maintenant un support expérimental pickle. Essayez et voyez si cela fonctionne bien pour votre cas. Si vous rencontrez des problèmes, veuillez nous le faire savoir sur la liste de diffusion de Matplotlib ou en ouvrant un problème sur github.com/matplotlib/matplotlib.

Answer 3

Matplotlib depuis la version 1.2 vous permet de mettre en conserve les figures. Comme le notes de version indiquent, il s'agit d'une fonctionnalité expérimentale et ne prend pas en charge l'enregistrement d'une figure dans une version de matplotlib pour l'ouvrir dans une autre. Il est également généralement peu sûr de restaurer un pickle depuis une source non fiable.

Pour partager/modifier ultérieurement des graphiques (qui nécessitent d'abord un traitement important des données et qui pourraient nécessiter des ajustements des mois plus tard, par exemple lors d'une révision par les pairs pour une publication scientifique), je recommande toujours le flux de travail suivant : (1) avoir un script de traitement des données qui, avant de générer un graphique, enregistre les données traitées (qui seront utilisées dans votre graphique) dans un fichier et (2) avoir un script de génération de graphique séparé (que vous ajustez au besoin) pour recréer le graphique. De cette manière, pour chaque graphique, vous pouvez rapidement exécuter un script et le régénérer (et copier rapidement vos paramètres de graphique avec de nouvelles données). Cela dit, mettre en conserve une figure pourrait être pratique pour une analyse de données à court terme/interactive/exploratoire.

Si vous utilisez une version vraiment ancienne qui ne prend pas encore en charge cette fonctionnalité, je vous suggère soit (a) de séparer le traitement des données de la génération du graphique (qui enregistre les données avec un nom unique) et d'écrire un script de génération de graphique (chargeant un fichier spécifié des données sauvegardées) et l'éditer comme bon vous semble, soit (b) enregistrer au format PDF/SVG/PostScript et éditer dans un éditeur de graphique sophistiqué tel que Adobe Illustrator (ou Inkscape).

Answer 4

Pourquoi ne pas simplement envoyer le script Python? Les fichiers .fig de MATLAB nécessitent que le destinataire dispose de MATLAB pour les afficher, c'est donc à peu près équivalent à envoyer un script Python qui nécessite Matplotlib pour être affiché.

Alternativement (décharge de responsabilité : je n'ai pas encore essayé cela), vous pourriez essayer de mettre en conserve la figure :

import pickle
output = open('figure interactive.pickle', 'wb')
pickle.dump(gcf(), output)
output.close()

Answer 5

Bonne question. Voici le texte du document de pylab.save :

pylab ne fournit plus de fonction d'enregistrement, bien que l'ancienne fonction pylab soit toujours disponible sous le nom matplotlib.mlab.save (vous pouvez toujours y faire référence dans pylab en tant que "mlab.save"). Cependant, pour les fichiers texte brut, nous recommandons numpy.savetxt. Pour enregistrer des tableaux numpy, nous recommandons numpy.save, et son analogue numpy.load, qui sont disponibles dans pylab sous les noms np.save et np.load.