Passage d'arguments de ligne de commande à R CMD BATCH

Question

J'ai utilisé R CMD BATCH my_script.R à partir d'un terminal pour exécuter un R script. Je suis maintenant au point où je voudrais passer un argument à la commande, mais j'ai quelques problèmes pour le faire fonctionner. Si je fais R CMD BATCH my_script.R blabla puis blabla devient le fichier de sortie, plutôt que d'être interprété comme un argument disponible pour le script R en cours d'exécution.

J'ai essayé Rscript my_script.R blabla qui semble passer sur blabla correctement comme un argument, mais alors je ne comprends pas la my_script.Rout que j'obtiens avec R CMD BATCH (Je veux le .Rout fichier). Alors que je pourrais rediriger la sortie d'un appel à Rscript à un nom de fichier de mon choix, je n'obtiendrais pas les commandes d'entrée R incluses dans le fichier de la manière dont R CMD BATCH fait dans le .Rout fichier.

Donc, idéalement, je cherche un moyen de passer des arguments à un script R exécuté par l'intermédiaire de l'interface de l'utilisateur. R CMD BATCH mais je serais satisfait d'une approche utilisant la méthode de la Rscript s'il y a un moyen de lui faire produire un résultat comparable. .Rout fichier.

Answer 1

J'ai l'impression que R CMD BATCH est un peu une relique. En tout cas, les plus récents Rscript (disponible sur toutes les plates-formes), ainsi que l'application commandArgs() rend le traitement des arguments de ligne de commande assez facile.

A titre d'exemple, voici un petit script -- appelez-le "myScript.R" :

## myScript.R
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
rnorm(n=as.numeric(args[1]), mean=as.numeric(args[2]))

Et voici à quoi ressemble son invocation à partir de la ligne de commande

> Rscript myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

---

Edit :

Non pas que je le recommande, mais ... en utilisant une combinaison de source() y sink() vous pourriez obtenir Rscript pour produire un .Rout comme celui produit par R CMD BATCH . Une façon de faire serait de créer un petit script R -- appeler il RscriptEcho.R -- que vous appelez directement avec Rscript. Ça pourrait ressembler à ça :

## RscriptEcho.R
args <- commandArgs(TRUE)
srcFile <- args[1]
outFile <- paste0(make.names(date()), ".Rout")
args <- args[-1]

sink(outFile, split = TRUE)
source(srcFile, echo = TRUE)

Pour exécuter votre script réel, vous feriez alors :

Rscript RscriptEcho.R myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

qui exécutera myScript.R avec les arguments fournis et envoie l'entrée, la sortie et les messages entrelacés vers un fichier nommé de façon unique .Rout .

Edit2 :
Vous pouvez exécuter Rscript de manière verbeuse et placer la sortie verbeuse dans un fichier.

Rscript --verbose myScript.R 5 100 > myScript.Rout

Answer 2

Après avoir essayé les options décrites ici, j'ai trouvé ce poste de Forester dans r-bloggers . Je pense que c'est une option propre à envisager.

J'ai mis son code ici :

Depuis la ligne de commande

$ R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=1 b=c(2,5,6)' test.R test.out &

Test.R

##First read in the arguments listed at the command line
args=(commandArgs(TRUE))

##args is now a list of character vectors
## First check to see if arguments are passed.
## Then cycle through each element of the list and evaluate the expressions.
if(length(args)==0){
    print("No arguments supplied.")
    ##supply default values
    a = 1
    b = c(1,1,1)
}else{
    for(i in 1:length(args)){
      eval(parse(text=args[[i]]))
    }
}

print(a*2)
print(b*3)

Dans test.out

> print(a*2)
[1] 2
> print(b*3)
[1]  6 15 18

Merci à Forester !

Answer 3

Vous devez mettre des arguments avant my_script.R et utiliser - sur les arguments, par exemple

R CMD BATCH -blabla my_script.R

commandArgs() recevront -blabla comme une chaîne de caractères dans ce cas. Consultez l'aide pour plus de détails :

$ R CMD BATCH --help
Usage: R CMD BATCH [options] infile [outfile]

Run R non-interactively with input from infile and place output (stdout
and stderr) to another file.  If not given, the name of the output file
is the one of the input file, with a possible '.R' extension stripped,
and '.Rout' appended.

Options:
  -h, --help        print short help message and exit
  -v, --version     print version info and exit
  --no-timing           do not report the timings
  --            end processing of options

Further arguments starting with a '-' are considered as options as long
as '--' was not encountered, and are passed on to the R process, which
by default is started with '--restore --save --no-readline'.
See also help('BATCH') inside R.

Answer 4

Dans votre script R, appelé test.R :

args <- commandArgs(trailingOnly = F)
myargument <- args[length(args)]
myargument <- sub("-","",myargument)
print(myargument)
q(save="no")

Depuis la ligne de commande, exécutez :

R CMD BATCH -4 test.R

Votre fichier de sortie, test.Rout, montrera que l'argument 4 a été transmis avec succès à R :

cat test.Rout

> args <- commandArgs(trailingOnly = F)
> myargument <- args[length(args)]
> myargument <- sub("-","",myargument)
> print(myargument)
[1] "4"
> q(save="no")
> proc.time()
user  system elapsed 
0.222   0.022   0.236

Answer 5

J'ajoute une réponse parce que je pense qu'une solution en une ligne est toujours bonne ! En haut de votre myRscript.R ajoutez la ligne suivante :

eval(parse(text=paste(commandArgs(trailingOnly = TRUE), collapse=";")))

Puis soumettez votre script avec quelque chose comme :

R CMD BATCH [options] '--args arguments you want to supply' myRscript.R &

Par exemple :

R CMD BATCH --vanilla '--args N=1 l=list(a=2, b="test") name="aname"' myscript.R &

Ensuite :

> ls()
[1] "N"    "l"    "name"