Je crois que c'est ici même http://flask.pocoo.org/docs/deploying/uwsgi/ est une bonne réponse pour dissiper la confusion. La question n'est pas idiote, elle se pose à toute personne qui voit les deux termes et qui n'a aucune information préalable sur la façon dont les choses fonctionnent en dehors du monde mod_PHP (par exemple, rien contre php ou les gens).
Le site explique bien en termes pratiques ce qui est nécessaire et quelle est la différence, ainsi qu'un bon exemple de déploiement pour nginx.
Pour plus de commodité, l'explication du wiki Flask est citée ici :
uWSGI est une option de déploiement sur des serveurs comme nginx, lighttpd et cherokee ; voir FastCGI et Standalone WSGI Containers pour d'autres options. Pour utiliser votre application WSGI avec le protocole uWSGI, vous aurez d'abord besoin d'un serveur uWSGI. uWSGI est à la fois un protocole et un serveur d'application ; le serveur d'application peut servir les protocoles uWSGI, FastCGI et HTTP.
Le serveur uWSGI le plus populaire est uwsgi, que nous utiliserons dans ce guide. Assurez-vous de l'avoir installé pour pouvoir suivre le guide.
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Cet article de blog est une comparaison très détaillée de nombreux serveurs WSGI en Python, avec un résumé et quelques recommandations à la fin.
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Il utilise également des configurations pour certains serveurs qui sont vraiment douteuses et les fait apparaître plus mauvais qu'ils ne peuvent l'être. Il faut faire attention à ce que l'on lit dans cette comparaison.
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WSGI est une spécification. uWSGI fournit une implémentation de la spécification WSGI. Vous ne pouvez pas les comparer. Vous pouvez seulement comparer différentes implémentations.