création de "carte radar" (alias trace d'étoile ; trace d'araignée) à l'aide de ggplot2 dans R

Question

Je veux créer une intrigue comme celle ci-dessous :

Je sais que je peux utiliser la fonction radarchart du package fmsb. Je me demande si ggplot2 peut le faire, en utilisant les coordonnées polaires ? Merci.

Answer 1

Si vous recherchez une version de coordonnées non polaires, je pense que la fonction suivante vous aidera :

###################################
##Radar Plot Code
##########################################
##Assumes d is in the form:
# seg  meanAcc sdAcc   meanAccz sdAccz meanSpd   sdSpd   cluster
# 388  -0.038   1.438   -0.571  0.832  -0.825   0.095       1
##where seg is the individual instance identifier
##cluster is the cluster membership
##and the variables from meanACC to sdSpd are used for the clustering
##and thus should be individual lines on the radar plot
radarFix = function(d){
  ##assuming the passed in data frame 
  ##includes only variables you would like plotted and segment label
  d$seg=as.factor(d$seg)
  ##find increment
  angles = seq(from=0, to=2*pi, by=(2*pi)/(ncol(d)-2))
  ##create graph data frame
  graphData= data.frame(seg="", x=0,y=0)
  graphData=graphData[-1,]



  for(i in levels(d$seg)){
    segData= subset(d, seg==i)
    for(j in c(2:(ncol(d)-1))){
      ##set minimum value such that it occurs at 0. (center the data at -3 sd)
      segData[,j]= segData[,j]+3

      graphData=rbind(graphData, data.frame(seg=i, 
                                            x=segData[,j]*cos(angles[j-1]),
                                            y=segData[,j]*sin(angles[j-1])))
    }
    ##completes the connection
    graphData=rbind(graphData, data.frame(seg=i, 
                                          x=segData[,2]*cos(angles[1]),
                                          y=segData[,2]*sin(angles[1])))

  }
  graphData

}

Si vous tracez par cluster ou groupe, vous pouvez alors utiliser ce qui suit :

radarData = ddply(clustData, .(cluster), radarFix)
ggplot(radarData, aes(x=x, y=y, group=seg))+
  geom_path(alpha=0.5,colour="black")+
  geom_point(alpha=0.2, colour="blue")+
  facet_wrap(~cluster)

Cela devrait fonctionner avec l'échantillon de données suivant :

   seg  meanAccVs sdAccVs meanSpd sdSpd cluster
  1470     1.420   0.433  -0.801 0.083       1
  1967    -0.593   0.292   1.047 0.000       3
  2167    -0.329   0.221   0.068 0.053       7
  2292    -0.356   0.214  -0.588 0.056       4
  2744     0.653   1.041  -1.039 0.108       5
  3448     2.189   1.552  -0.339 0.057       8
  7434     0.300   0.250  -1.009 0.088       5
  7764     0.607   0.469  -0.035 0.078       2
  7942     0.124   1.017  -0.940 0.138       5
  9388     0.742   1.289  -0.477 0.301       5

Answer 2

Je suis tombé sur cette grande bibliothèque qui donne des parcelles d'araignées parfaites et compatibles avec ggplot :

https://github.com/fr/ricardo-bion/ggradar

Très facile à installer et à utiliser, comme vous pouvez le voir sur le github :

devtools::install_github("ricardo-bion/ggradar", dependencies=TRUE)
library(ggradar)

suppressPackageStartupMessages(library(dplyr))
library(scales)
library(tibble)

mtcars %>%
     rownames_to_column( var = "group" ) %>%
     mutate_at(vars(-group),funs(rescale)) %>%
     tail(4) %>% select(1:10) -> mtcars_radar

ggradar(mtcars_radar)