Comment superposer des tracés de densité dans R?

Question

Je voudrais superposer 2 tracés de densité sur le même appareil avec R. Comment puis-je faire cela ? J'ai cherché sur le net mais je n'ai pas trouvé de solution évidente.

Mon idée serait de lire les données d'un fichier texte (colonnes) puis d'utiliser

 plot(density(MyData$Column1))
plot(density(MyData$Column2), add=T)

Ou quelque chose dans cet esprit.

Answer 1

utilisez lines pour le second :

 plot(density(MyData$Column1))
lines(density(MyData$Column2))

assurez-vous cependant que les limites de la première parcelle conviennent.

Answer 2

ggplot2 est un autre package graphique qui gère des choses comme le problème de portée mentionné par Gavin d'une manière assez astucieuse. Il gère également la génération automatique de légendes appropriées et a généralement une sensation plus raffinée à mon avis avec moins de manipulation manuelle.

 library(ggplot2)

#Sample data
dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))
#Plot.
ggplot(dat, aes(x = dens, fill = lines)) + geom_density(alpha = 0.5)

Answer 3

Ajout d'une version graphique de base qui prend en charge les limites de l'axe y, ajoute des couleurs et fonctionne pour n'importe quel nombre de colonnes :

Si nous avons un ensemble de données :

 myData <- data.frame(std.nromal=rnorm(1000, m=0, sd=1),
                     wide.normal=rnorm(1000, m=0, sd=2),
                     exponent=rexp(1000, rate=1),
                     uniform=runif(1000, min=-3, max=3)
                     )

Puis pour tracer les densités :

 dens <- apply(myData, 2, density)

plot(NA, xlim=range(sapply(dens, "[", "x")), ylim=range(sapply(dens, "[", "y")))
mapply(lines, dens, col=1:length(dens))

legend("topright", legend=names(dens), fill=1:length(dens))

Qui donne:

Answer 4

Juste pour fournir un ensemble complet, voici une version de la réponse de Chase utilisant lattice :

 dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))

densityplot(~dens,data=dat,groups = lines,
            plot.points = FALSE, ref = TRUE, 
            auto.key = list(space = "right"))

ce qui produit une intrigue comme celle-ci :